Depuis le mois de mai tous les indicateurs étaient au vert. Mais à peine deux mois plus tard, les courbes s’inversent. Pour comprendre pourquoi la Covid-19 le nombre de cas repart à la hausse, voici les dernières données épidémiologiques.

Inversion de tendance :  le nombre de cas repart à la hausse et la primo-vaccination continue de stagner

  1. Les indicateurs épidémiologiques connaissent une inversion de tendance ou un ralentissement de la décroissance enregistrée depuis des semaines. Au niveau national, les indicateurs hospitaliers évoluent toujours à la baisse, mais moins rapidement. Au 04/07, les hospitalisations en cours s’élèvent à 8 986 (-11,9 % contre -14,6% au 27/06). Les soins critiques en cours s’élèvent à 1 104 (-17,9% contre -21,0% au 27/06). On note un ralentissement de la diminution des nouvelles admissions hospitalières.
  2. 193 nouveaux décès hospitaliers ont été enregistrés durant la semaine. 17 décès en EHPAD ont été rapportés. La décroissance du nombre hebdomadaire des décès connaît un net ralentissement (-16,8% contre -33,3% la semaine précédente).
  3. L’incidence s’élevait à 21,5 au 01/07 au niveau national en semaine glissante. Si elle est orientée à la hausse, la situation est contrastée selon les départements et les tranches d’âges, avec des évolutions erratiques du fait de l’émergence de foyers de contamination (clusters), tandis qu’une diffusion plus communautaire est signalée dans certains territoires par Santé Publique France. Le taux de positivité après avoir touché un plus bas à 0,6%, semble repartir à la hausse à 0,8%.
  4. Au 01/07, départements ont une incidence sur 7 jours supérieure à 50, dont 2 supérieure à 100 – la Guyane et La Réunion. L’évolution de l’incidence est orientée à la hausse dans 41 des départements de la métropole. Cette hausse est encore plus marquée dans les classes d’âge les plus vectrices : 20-29 ans et 30-39 ans.
  5. Au cours de la semaine calendaire, le rythme de la primo-vaccination a continué de ralentir. Seulement 1 117 629 personnes ont reçu au moins une première dose de vaccin, soit -12,6% par rapport à la semaine précédente. 3 126 105 personnes ont été complètement vaccinées, soit 5,5% de plus que la semaine précédente.
  6. Depuis le début de la vaccination, 51,5% de la population ont reçu au moins une dose et 36,4% ont été complètement vaccinés. 85,4% des 70 ans et plus ont reçu au moins une dose, 78,5% sont complètement vaccinés.
  7. Les données de suivi des mutations des variants sont désormais disponibles sur Géodes, le site de géo-données de Santé Publique France. Au 02/07, la mutation L452R dans les tests positifs criblés s’élevait à 39,7%, la mutation E484K à 20,0%, et la mutation E484Q à 0,8%. Le taux de tests positifs criblés s’élevait à seulement 43%.

L’évolution des indicateurs hospitaliers

A un peu plus de 800, le nombre des nouvelles admissions hebdomadaires à l’hôpital est en baisse pour la 12e semaine consécutive, à un rythme beaucoup moins rapide que la semaine précédente (-16,4% vs -28,9%).

Avec 177 nouvelles admissions, les soins critiques sont en baisse pour la 10e semaine consécutive, à un rythme également moins élevé que la semaine précédente (-23,0%). Les hospitalisations en cours continuent de régresser et passent sous la barre des 8 000, avec 7913 cas au 04/07.

Le niveau des soins critiques en cours continue de baisser également. Le nombre de soins critiques en cours rapporté au nombre d’hospitalisations en cours reste environ 2 fois supérieur à ce qu’il était en juin 2020.

La baisse des hospitalisations en cours continue de s’observer dans toutes les tranches d’âges, mais à un rythme moins soutenu que la semaine précédente, à l’exception des 50-69 ans.
En moyenne sur 7 jours, les 30-39 ans sont descendus sous le seuil des 200, les 50-59 ans sous celui des 1 000, les 80-89 ans sous celui des 2 000. Concernant les soins critiques en cours, ils continuent de diminuer dans toutes les classes d’âges. L’inversion de tendance et la remontée du nombre de cas positifs n’a pas d’incidence sur l’orientation à la baisse des cas hospitaliers pour le moment.

Sur les 7 derniers jours disponibles au 01/07 (J-3), le nombre de personnes testées remonte légèrement. Cette augmentation s’observe uniquement pour les 20-29 ans (+33,3%) avec un taux de positivité de 1,2%, à comparer avec la baisse ou la stabilité dans les autres tranches d’âges. Près de 14 400 personnes ont été détectées positives au SARS-CoV-2, soit un taux de positivité de 0,8%Le nombre moyen de cas positifs par jour sur 7 jours est de nouveau supérieur à 2 000. 

L’évolution de l’incidence

L’incidence par tranches d’âges regroupées en dizaine connaît de nouveau un redémarrage pour certaines d’entre elles. Elle est supérieure à la moyenne nationale chez les 10-49 ans, et inférieure à celle-ci dans les autres tranches d’âges. Elle dépasse le seuil de 50 pour les 20-29 ans (52), ce qui représente une hausse de +44,4% en une semaine.

La baisse globale du nombre de personnes testées positives semble s’être arrêtée au cours de la période de 7 jours précédente. Au 01/07, le nombre de personnes testées positives est en augmentation dans 43 départements de la métropole, et dans 2 départements de l’Outre-mer : la Guyane et la Réunion. Le taux d’incidence national s’élevait à 21,5, alors qu’il s’établissait à 19,5 sur 7 jours glissants au 27/06. Le nombre de départements ayant une variation de 40% et plus du nombre de patients positifs sur 7 jours par rapport a la semaine précédente est de 18.

En semaine 25 – dernière semaine disponible -, l’incidence nationale par niveaux scolaires poursuivait sa baisse dans toutes les tranches d’âges de 3 à 17 ans, tandis que de nombreux cours sont désormais terminés. Les 3-5 ans affichaient une incidence inférieure à l’incidence nationale toutes tranches d’âges confondues, qui s’établissait à 8. Les 6-10 ans affichaient une incidence également inférieure à l’incidence nationale: 17. Au niveau régional, l’incidence des 3-5 ans était en hausse dans des départements du Sud-ouest (32, 82, 82, 12, 09). L’incidence est nulle dans de très nombreux départements, probablement du fait de la fin des tests salivaires systématiques. Chez les 6-10 ans, l’incidence régressait dans toutes les régions. Au niveau départemental, les situations étaient plus contrastées. L’incidence était en baisse dans les Landes pour les tranches d’âges de 3 à 17 ans, même si elle restait 2 à 3 fois plus élevée que la moyenne nationale. Concernant les 6-10 ans, outre les Landes ou l’incidence a été divisée par deux (62), l’incidence était en hausse dans les départements du 39, 75 et 81.

L’incidence nationale parmi les 11-14 ans s’élevait à 24 contre 35 la semaine dernière. Elle restait supérieure à 100 dans 2 départements d’Outre-mer (en hausse en Guyane, stable à La Réunion) et était en baisse dans les Landes, tout en restant élevée (99). Elle était en augmentation dans le Jura (78) et le Val d’Oise (51). Concernant les 15-17 ans, l’incidence remontait dans les Landes (89 vs 67). Elle était orientée à la baisse mais en restant à un niveau élevé en Guyane (110 vs 277) et restait stable à la Réunion (166 vs 168). Elle était en hausse dans le Jura (115 vs 42) et le Doubs (79 vs 0). Elle augmentait ou demeurait élevée dans de nombreux départements (Mayenne 100, Orne 62, Pyrénées Atlantiques 59, Ardennes 52, Pyrénées Orientales 51, Seine Saint-Denis 45).

L’évolution des variants

Selon l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), le variant Delta est désormais présent dans au moins 85 pays. Toujours selon l’OMS, le variant Delta serait en train de devenir majoritaire dans le monde.

En France, depuis le 07/06, seuls les chiffres publiés dans les points épidémiologiques hebdomadaires de Santé Publique France sont disponibles, les données publiques sur la plateforme Géodes de Santé Publique France s’interrompant au 06/06.

Dans son dernier point épidémiologique hebdomadaire (n° 69 du 24/06), Santé Publique France rapporte les données de criblage pour la semaine 24. Celles-ci portent sur 45,2% des tests RT-PCR et antigéniques positifs, en hausse par rapport à la semaine précédente (37,5%). Parmi ces tests positifs, la mutation E484K a été retrouvée dans 16,9% des cas. La mutation E484Q a été retrouvée dans 0,9% des tests. La mutation L452R a été retrouvée dans 10,5% des tests, contre 4,6% la semaine précédente. La part de la mutation présente dans le variant Delta parmi les tests positifs criblés en France a ainsi plus que doublé en 1 semaine. Elle a atteint 74% dans les Landes.

Par ailleurs, toujours selon le dernier point épidémiologique de Santé Publique France, les résultats préliminaires de la surveillance par séquençage génomique, dans le cadre de l’enquête Flash #11 du 08 juin 2021, indiquent un taux de variant Delta de 7,0% des séquences interprétables, contre 0,8% dans l’enquête Flash#10, soit une multiplication par plus de 7, après une multiplication par près de 5 entre l’enquête Flash #10 et l’enquête Flash #9. Les régions dans lesquelles la part de variant Delta parmi les séquences interprétables est la plus élevée sont la Nouvelle-Aquitaine, l’Île-de-France et la Provence-Alpes-Côte d’Azur.

Le criblage n’est effectué à l’heure actuelle que sur 43% des cas positifs pour identifier les cas non Alpha.
Le variant Kappa, E484Q, est faiblement présent en France et n’est retrouvé que dans une dizaine de départements. Les variants Beta, Gamma ou Eta sont très majoritaires en Guyane et à la Réunion, et on retrouve également une présence marquée dans le nord-est de la France. Les variants Delta, Kappa et Epsilon (majoritairement Delta, vu la faible prévalence de la mutation E484Q) sont présents sur quasiment l’ensemble de la France métropolitaine, en particulier dans deux départements du Grand-Est, mais également dans le Sud-Est, et dans les Landes. L’évolution hebdomadaire des ces indicateurs sera à suivre dans les prochaines semaines, mais la situation chez nos voisins indique que le variant Delta deviendra probablement majoritaire sur l’ensemble du territoire métropolitain avant la fin du mois de juillet.

L’évolution de la vaccination

Le nombre de personnes ayant reçu au moins une 1ère dose lors de la semaine s’élève à un peu plus de 1,1 million, soit 12,6% de moins par rapport à la semaine précédente, qui accusait déjà un recul de près de 30% par rapport à la semaine antérieure.

Le rythme des primo-vaccinations continue de ralentir pour la 4e semaine consécutive. Il n’atteint toujours pas 80% chez les 80 ans et plus, et augmente de moins de 1% en 7 jours chez les 65 ans et plus.

36,4% de la population sont désormais complètement vaccinés, tandis que plus de 48% de la population n’a toujours pas reçu une seule dose.

Point de référence: 

Avec le nouveau système de criblage, un profil 484K+/484Q-/452R- correspondrait à un variant  Beta, Gamma ou Eta (variant US/NY), alors qu’un profil 484K-/484Q-/452R+ correspondrait à un variant Delta, Kappa (autre variant indien) et Epsilon (variant californien). La mutation E484Q définit le variant Kappa (B.1.617.1 également issu d’Inde).

https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-de-laboratoires-pour-le-depistage-indicateurs-sur-les-mutations/

 

 

David Simard, Eric Billy et Germain Forestier pour Du Côté de la Science