Luxia Scientific annonce ce jour les résultats de son étude* pilote EDIFICE, (Evaluation Diagnostique du microbiote Intestinal des Français Infectés par le Coronavirus dans une Etude pilote) validant l’hypothèse d’une diminution de la diversité du microbiote intestinal chez les patients COVID-19 hospitalisés.
Les premiers rapports suggèrent que l’excrétion fécale et la dysbiose du microbiome intestinal sont associées à la gravité de la maladie chez les patients COVID-19. Nous avons étudié le microbiome intestinal ainsi que la prévalence du SRAS-CoV-2 dans des échantillons de selles de deux populations françaises : les travailleurs de la santé exposés et les patients âgés hospitalisés COVID-19. Le pouvoir prédictif de la perte de diversité bactérienne et de la détection du SRAS-CoV-2 dans les selles a été évalué à 4 semaines par rapport aux résultats cliniques dans le groupe de patients.
Une importante dysbiose intestinale est observable chez les patients COVID19 hospitalisés
79 personnels soignants en contact avec des patients COVID-19 et 64 patients âgés hospitalisés dans une unité COVID-19 en France ont été inclus dans l’essai EDIFICE d’avril 2020 à mai 2021. Des échantillons de selles ont été prélevés à l’inclusion. La perte de diversité bactérienne a été diagnostiquée sur la base du séquençage du gène de l’ARNr 16S. La positivité des selles au SRAS-CoV-2 a été déterminée par RT-PCR.
Les résultats cliniques ont été enregistrés lors d’une visite de suivi à 4 semaines. Il s’agit notamment de savoir si le patient a été mis sous oxygène au cours des 4 semaines de suivi, s’il est sorti avec ou sans aggravation des premiers symptômes ou si le patient est décédé. Le critère d’évaluation principal était de valider l’hypothèse selon laquelle les patients hospitalisés COVID-19 avaient plus souvent perdu leur diversité bactérienne que les travailleurs de la santé actifs fortement exposés.
Les patients âgés hospitalisés atteints de COVID-19 avaient plus fréquemment perdu leur diversité bactérienne par rapport aux travailleurs de la santé exposés (valeur de p = 0,005), leur dysbiose sévère était caractérisée par un enrichissement de la famille des Erysipelotrichaceae et un épuisement des bactéries bénéfiques au niveau du genre tel comme producteurs de butyrate (Butyrivibrio, Roseburia, Faecalibacterium) et Bifidobacterium.
Le virus a été détecté chez 61 % des patients hospitalisés et chez un seul professionnel de la santé (2 %) qui avait déjà reçu un diagnostic de COVID-19 (valeur de p<0,001). Aucune différence significative dans la composition du microbiome intestinal au niveau du genre des patients testés positifs dans les selles par rapport aux patients testés négatifs n’a été observée. Ni la perte de diversité bactérienne ni la positivité au SRAS-CoV-2 n’ont été associées au résultat clinique à 4 semaines.
Pour le Professeur Alessandra Cervino* promoteur de cette étude et fondatrice de la société de biotechnologie Luxia Scientific : « Cette première étude française vient confirmer ce que plusieurs études chinoises avaient déjà montré, à savoir qu’une importante dysbiose intestinale est observable chez les patients COVID-19 hospitalisés. En particulier, nous avons observé une diminution des producteurs de butyrate et des bifidobactéries chez ces patients. Nos résultats ne permettent toutefois pas de conclure que la perte de diversité est attribuable au COVID19 ni qu’elle constitue un facteur de risque. De plus le virus a été détecté au niveau intestinal chez 61% des patients hospitalisés contre seulement 2% chez le personnel hospitalier. Cette détection élevée du virus au niveau du tube digestif mérite d’être explorée par d’autres études et mieux comprise. »
Diminution de la diversité du microbiote intestinal chez les patients COVID-19 hospitalisés – Cette étude* a été réalisée sur 143 personnes adultes, dont 64 patients hospitalisés diagnostiqués COVID-19 avec la participation de 4 centres hospitaliers (Clinique St Jean l’Ermitage à Melun, Hôpital de Fontainebleau, Clinique du Mousseau et le Centre Hospitalier Universitaire de Nantes).
Alessandra Cervino, Robin Fabre et Guillaume Gbikpi-Benissan
