Des chercheurs de l’Institut Pasteur, en collaboration avec Santé Publique France et le CNRS, ont réalisé une analyse détaillée des hospitalisations et des décès dus au SARS-CoV-2 en France et construit des modélisations à partir de ces données. Les premiers résultats suggèrent que près de 6% des Français ont été infectés par le Covid-19  au décours de la première vague épidémique.

Comme d’autres pays européens, la France paie un lourd tribut à l’épidémie de COVID-19 avec plus de 19,000 morts au 19 avril 2020. Le 17 mars, le gouvernement français a instauré le confinement pour tenter de stopper la propagation du virus et éviter une saturation des services de réanimation. Afin de définir la stratégie de sortie du confinement, il est important d’évaluer l’impact qu’a eu cette mesure sans précédent sur la transmission du virus SARS-CoV-2 et de mieux comprendre le risque de développer une forme sévère pour les personnes infectées par SARS-CoV-2. Il est également essentiel de connaitre le niveau d’immunité dans la population française pour évaluer le risque de seconde vague épidémique.

Afin de répondre à ces questions, des chercheurs de l’Institut Pasteur, en collaboration avec Santé Publique France et le CNRS, ont fait une analyse détaillée des hospitalisations et des décès COVID-19 en France. Ces données ne décrivent que les infections les plus sévères. Pour reconstruire l’évolution du nombre total d’infections en France, y compris les infections peu sévères, les chercheurs ont analysé les données d’hospitalisations françaises conjointement avec les résultats d’enquêtes épidémiologiques permettant de caractériser le risque de décès chez les personnes infectées par SARS-CoV2.

Ce travail d’intégration de données a été rendu possible grâce à l’utilisation d’outils de modélisation mathématique et statistique. « Dans un contexte de grande incertitude, ces analyses de modélisation permettent de mieux comprendre cette épidémie et l’impact du confinement sur la propagation de SARS-CoV-2 », explique Simon Cauchemez, responsable de l’unité Modélisation mathématique des maladies infectieuses à l’Institut Pasteur et dernier auteur de l’étude.

6% des Français ont été infectés par le Covid-19

Les résultats montrent qu’en France, le risque d’hospitalisation est de 2,6% pour les personnes ayant été infectées par le SARS-CoV-2. Ce risque augmente fortement avec l’âge pour atteindre 31% chez les hommes de plus de 80 ans.

Le taux de mortalité chez les personnes infectées est de l’ordre 0,5% (13% chez les hommes de plus de 80 ans). La probabilité de décès est 45% supérieure chez les hommes infectés que chez les femmes infectées, avec un différentiel qui augmente avec l’âge.

L’analyse montre également que le confinement a eu un impact conséquent sur la transmission de SARS-CoV-2, en entraînant une réduction de 84% du nombre de reproduction de Covid-19. En effet, le nombre moyen de personnes infectées par un cas, le nombre R0, est passé de 3,3 à 0,5 pendant le confinement. Cela a conduit à une réduction du nombre journalier d’admissions en réanimation de 700 en fin mars à 200 en mi-avril.

Si cette tendance se poursuit, le nombre journalier d’admissions en réanimation en France devrait se situer entre 10 et 45 au 11 mai 2020, date annoncée de la levée du confinement. A cette date, près de 6% des Français devraient avoir été infectés par le SARS-CoV-2, avec une proportion plus importante en Ile-de-France (12,3%) et dans le Grand Est (11,8%).

Ce niveau d’immunité est donc très inférieur au niveau nécessaire pour éviter une seconde vague si toutes les mesures de contrôle devaient être levées. En effet, l’immunité collective nécessaire est actuellement estimée à 70%. Par conséquent, des efforts importants devront être maintenus au-delà du 11 mai pour éviter une reprise de l’épidémie.

Sources

Estimating the burden of SARS-CoV-2 in France, HAL, 21 avril 2020

Henrik Salje1,2,*, Cécile Tran Kiem1,*, Noémie Lefrancq1, Noémie Courtejoie3, Paolo Bosetti1, Juliette Paireau1, Alessio Andronico1, Nathanaël Hozé1, Jehanne Richet3, Claire-Lise Dubost3, Yann Le Strat4, Justin Lessler5, Daniel Levy Bruhl4, Arnaud Fontanet6, Lulla Opatowski7, Pierre- Yves Boelle8, Simon Cauchemez1

1. Mathematical Modelling of Infectious Diseases Unit, Institut Pasteur, UMR2000, CNRS, France
2. Department of Genetics, University of Cambridge
3. DREES, Ministère des Solidarités et de la Santé
4. Santé publique France, Direction des maladies infectieuses, Saint-Maurice, France
5. Department of Epidemiology, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health
6. Emerging Diseases Epidemiology Unit, Institut Pasteur, Paris, France
7. Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Unité Mixte de Recherche 1181, Université Versailles St-Quentin-en-Yvelines, Institut Pasteur, Paris, France
8. INSERM, Sorbonne Université, Institut Pierre Louis d’Epidémiologie et de Santé Publique, Paris, France
Article disponible ici : https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-02548181